Così chiamata perché la più estesa tra le tre isole del golfo Borromeo, l’Isola Madre reca traccia di insediamenti antichissimi. L’edificio conserva una struttura architettonica sobria e lineare, che domina il giardino a più terrazze digradanti sul lago. Inizialmente concepita in analogia con il parco dell’Isola Bella, tale area botanica è stata in seguito trasformata in giardino paesaggistico con ampi spazi prativi delimitati da viali e un maestoso esemplare di cipresso del Kashmir che svetta sul piazzale antistante il palazzo. Il parco botanico all'inglese si deve al conte Gilberto V Borromeo e a suo figlio Vitaliano IX, che ne fanno il primo giardino di acclimatazione del Lago Maggiore. Vitaliano, appassionato studioso di botanica, trasforma l'isola in uno straordinario campionario di flora esotica, che i ricercatori portano dalle loro spedizioni sulle coste australiane o dalle foreste dell'Himalaya; grazie a lui iniziano anche scambi con prestigiosi orti botanici europei. Nel 1826 vengono costruite le serre dove, approfittando del clima mite, si mettono a dimora piante esotiche: palme, ninfee, bouganvillee ed eucalipti. Fra le rarità botaniche si ricorda il cipresso del Kashmir situato di fronte al loggiato del palazzo, il più grande esemplare d'Europa. Dopo la morte di Vitaliano non si segnalano variazioni significative nell'impianto, e solo in anni recenti, grazie al conte Gilberto Borromeo, è stato nuovamente valorizzato il ricco apparato vegetale. Nel giardino, noto per la fioritura di azalee, camelie e rododendri, vivono in libertà pavoni, pappagalli e fagiani.
