La chiesa è stata ricostruita tra il 1551 e il 1582 sull'impianto di una precedente, dedicata agli apostoli Giacomo e Filippo, del IX secolo, su committenza degli Agostiniani, riconsacrandola a Sant’Agostino e San Giovanni Battista. La facciata ne risulta dichiaratamente manierista. Luogo di sepoltura di diverse famiglie nobiliari, la nuova chiesa è consacrata nel 1643 e nel XVIII secolo si provvede al rifacimento dell’antico chiostro precedente. L’impianto della chiesa è basilicale, a tre navate, privo di transetto. All'interno sono conservati l’altare maggiore disegnato da Carlo Ceppi (1887), contestualmente alla pesante riplasmazione del settore absidale e, tra i numerosi sepolcri, un interessante monumento funebre di Cassiano del Pozzo (1578) opera di Ludovico Vanello. Il chiostro attiguo è sempre stato luogo di sepoltura dei giustiziati, mentre i boia con la loro famiglia avevano diritto a sepoltura privilegiata sotto al campanile.
